蒋介石说：“你跟我是有好处的。”
吴国桢巧妙回答：“总统，我现在已五十岁了，不想要好处了。只有两件事，我心里下不来。”
蒋介石一听忙问：“哪两件事？”
吴国桢说：“第一件，总统二十年的知遇，我不能不想到。”
蒋介石喜形于色，连声说：“嗯嗯，好，好啊！”
吴国桢又说：“第二件，大陆尚未打回去。”
蒋介石一听这话，心里很不受用，渐趋沉默。吴国桢望着他。蒋介石终于回过神说：“峙之，你的忠心我知道。只要你肯与经国合作，愿当行政院长，可当行政院长；愿当行政院长兼台湾省主席，也可以。悉由你挑。”
吴国桢憋不住了，终于耿直地说了最不该说的话：“经国兄，我当然是要帮忙的。总统叫他管特务，事情做得再好，天下人都是怨恨的。如果不做特务，做点社会福利方面的工作，我决心尽力帮助。”
这位讲“民主”的省主席，直接戳到了专制统治的软肋。蒋介石面露不悦之色，慢慢地走向火炉，说：“我现在头痛，我们改日再谈吧。”
吴国桢失望地站起身告辞。他由跟蒋经国的对峙，发展到跟蒋介石对峙了。
1951年圣诞节，蒋介石在士林官邸蔚园内举行家庭式圣诞晚会。
身躯矮胖的吴国桢扮成圣诞老人，分赠圣诞礼品给蒋氏家人。
他走到蒋介石面前时，祝贺道：“圣诞老人祝总统节日快乐，在新的一年事事如意！”
蒋介石客气地站起说：“谢谢圣诞老人！”
吴国桢又从大口袋里掏出一盒糖果送他，以玩笑口吻不无揶揄道：“是带民主味儿的！”
蒋介石不忍拂宋美龄和儿孙们的兴致，强忍着接过糖果没有发作。目睹如此明目张胆的挑衅，蒋经国狠狠地瞪了吴国桢一眼。
蒋经国瞪的这一眼是有分量的。他奉父命独揽了台湾的整个安全、情报与特务系统大权，他虽名为“国防部总战政部主任”，却能一手遮天，躲在幕后发号施令，只要给戴上“红帽子”，想抓谁就抓谁，想杀谁就杀谁。
吴国桢对蒋经国能忍则忍，但对他手下的特务的横行霸道却难于容忍，又直接告到蒋介石这里来了。
刚进门屁股还没有落座，吴国桢就有些激动地说：“蒋总统，我觉得非改革不可了！”
蒋介石问：“改革什么呀？峙之，你想说什么？”
吴国桢平静下来说：“不能想抓谁就抓谁，想杀哪个就杀哪个。任何机构不通过保安司令部，不能随意抓人。逮捕后十四天，一定要释放，或起诉。”
是告儿子的状！蒋介石心里一愣，嘴里打起了哈哈，顾左右而言他：“吴主席，我知道了。只是美援的事，一定要抓紧，要抓紧！”
吴国桢继续进言：“国民党党费应不用国家经费，而向党员筹募，且应鼓励反对党之成立，俾能奠定两党制度。”
又来了！嗯嗯……蒋介石心里不悦，嘴上仍是打哈哈。
吴国桢以为蒋介石还信任他，器重他，竟天真地劝诫起来：“如钧座厚爱经国兄，则不应使其主持特务，无论其是否仗势越权，必将成为人民仇恨的焦点。”
这话就说狠了！蒋介石不言语了，脸色有变，显出忍不住的恼怒。
其实蒋介石生气归生气，话还是听进去了。他何尝不知，特务工作是见不得人的职业，特工头子的名声自然更糟。当时台湾的社会舆论对蒋经国领导的特务系统非议甚多。
蒋氏父子想着要遮掩遮掩了。蒋经国报请蒋介石，成立“国家安全局”统辖全部情报工作，这样自己就可以退居二线，不那么惹眼。蒋介石批准了蒋经国的建议，于1954年恢复“国防会议”组织后，又于当年10月成立了“国家安全局”。1967年，“国防会议”改为“国家安全会议”，“国安局”隶属于“国安会”，并按美国中央情报局建制，调整该局内部组织与业务，成为“督导和协调”台湾各情治机构及治安机关业务的最高机构，由蒋介石的嫡系郑介民做了“国安局”第一任“局长”。
尽管蒋经国不直接掌管“国安局”，但是谁都知道，台湾的所有情治工作都是在他的掌控之下的，只是他不成为社会舆论直接攻击的目标罢了。
当然这是后来的变化，当时吴国桢讲蒋经国特务工作如何如何的话，蒋介石听了还是切齿痛恨的。
台北新生南路吴国桢私宅，住得离吴家不远的孙立人，深夜悄然来看吴国桢，坐下说：“听说你劝诫老头子，惹得他不高兴？”
吴国桢说：“我这才明白，蒋老先生是爱权之心，胜于爱国；爱子之心，胜于爱民。”
孙立人说：“这我早看出来了，所以特别地失望。听说蒋太子挺恼火你，你又怎么开罪他了？”
吴国桢说：“我只是采用消极抵制，不发给经费，所以蒋经国恨死我了。听说他对你也很不满意，要小心哟，老同学。”
孙立人说：“彼此彼此。为避免引起蒋太子的注意，我们约好，凡在公开场合则尽量避免见面，万不得已碰到时，也仅握手寒暄，让外人看起来，关系极为冷淡。”
吴国桢说：“他们谁不知道我俩是清华同学，又一个是台湾省主席，一个是陆军总司令，能不成为他们的眼中钉吗？”
孙立人无奈地说：“身正不怕影斜，防不胜防，也只好顺其自然了。”
吴国桢更加消极，索性不过问省府的事，跑到日月潭涵碧楼散心来了。
宋美龄也在这里休闲，她接见了吴国桢，笑吟吟说：“国桢，你好闲在呀，整天在日月潭漫游供奉，看书写字，夫人则作画娱乐，省府的事也不过问了。”
吴国桢苦着脸说：“夫人，我自有苦衷。我自知该急流勇退了，多次辞职，总统皆不准。总统给了我一个月假期，让我在涵碧楼休养。”
宋美龄说：“我知你有苦衷，平时有什么难言之事，但讲无妨。”
吴国桢不想利用她跟蒋经国的矛盾，想想说：“我辞意已坚，也就不想说什么了。”
“那你就回去继续休养吧。”吴国桢不说心里话，宋美龄有点失望，站起说。
“谢谢夫人的接见。”吴国桢边说边往外走。
宋美龄目视着他暗示说：“峙之，如果想到什么话要再跟我谈，可随时来找我。”
在日月潭涵碧楼闲居的吴国桢，为了表明心迹，写了一副对联，由夫人帮忙贴在居处的门上。只见上联是：面临日月潭，仰不愧天，俯不愧地；下联是：门对文武庙，上希为圣，下希为贤。
夫人黄卓群对他说：“贴这些都没用，我们还是回家去住吧。”
吴国桢说：“好，回去，回去。”
吴国桢回到了私宅。一天，他从外面回到家里，外衣一脱就要打电话，吴夫人扑了上来抢走话筒说：“国桢，打不得，电话有人窃听！”
吴国桢一听傻了，跌坐在沙发上。
吴夫人说：“蒋先生不是蛮信任你的吗，怎么会弄出这些事来？”
吴国桢说：“嘿，此一时，彼一时。现在的美台关系比较好，我的使用价值到头了，蒋先生不必再通过我来同美国拉关系。我们不能待在台湾了！”
吴夫人不解：“你把官辞了就行，大不了在台湾当老百姓。”
吴国桢点透说：“能让你当老百姓吗？蒋先生知道我跟美国的关系那么深，他不担心会埋下日后顶替蒋家的后患呀？惹不起，躲得起！”
惊慌起来的吴夫人问：“躲到哪里去呢？”
心乱如麻的吴国桢说：“美国，美国！只有美国才安全。”
吴国桢把老朋友、美联社记者阿瑟·戈尔找来，对他神秘地说：“阿瑟，把手放在《圣经》上，我要告诉你一件事，你要发誓，帮我保密。”
“怎么搞得这样神乎其神？”阿瑟·戈尔吃惊地瞪圆眼睛看着吴国桢问，“吴主席，什么事情这么严重？”
吴国桢递给阿瑟一些文件，郑重地说：“有几封信，请你带回去，交给《纽约时报》《芝加哥论坛报》和《时代》《生活》的亨利·鲁斯。假使我不幸去世，请全文公布；没有事的话，请代为保存。”
阿瑟瞪着眼问：“交代后事？有这么严重吗？”
吴国桢说：“防人之心不可无啊！”
“陆军司令”孙立人午夜悄悄前来看望吴国桢。
孙立人笑说：“老同学，今天老头子宣布准你病假，你生什么病啦？”
吴国桢苦笑：“我哪来的病嘛，老头子只不过是向美国人掩饰我的辞职罢了。”
孙立人说：“你辞职后，高朋满座，车水马龙。我白天是不敢来，怕蒋太子的眼线，只有晚上才敢来看你。去美国的事都准备好了吗？”
吴国桢说：“我是准备好了。只是护照还没有给我，还传说要扣下我的小儿子作人质。立人，我们是清华大学同学，私交三十多年，我提醒你也要注意哟。”
孙立人摇头说：“再注意也没有用，难讨太子喜欢，你的今天就是我的明天。”
孙立人的预感很准确，吴国桢的今天果真成了他的明天。而且他不像吴国桢可以远走高飞，而是落得个被长期软禁的下场。
在台北阳明山官邸，蒋介石伏案正在写着什么，宋美龄走进来说：“达令，吴国桢去美国的事，外交部把档案送来好久了，你怎么还不批呀？”
蒋介石说：“我不想让他走，怕他到了美国说东道西。”
宋美龄求情道：“我找他谈过，他不会乱说的。你就批了吧。”
蒋介石在一堆档案里找出积压许久的吴国桢档案，在上面批了几个字，说：“先收回他的平民护照，重发官员护照，以防他留美不归。他的父亲和小儿子老的老，小的小，就别出去了，留在台湾吧。”
吴国桢到了美国，闲居下来，最初几年跟台湾蒋氏父子相安无事，后来台湾当局在报纸上把吴国桢骂得狗血喷头，而且往他头上泼了好几盆脏水。吴国桢忍无可忍，跟蒋氏父子掰扯起来，在电台、报纸发表声明，指责台湾当局过于专制，相互大伤和气，吴国桢被撤掉了“政务委员”一职，并被开除国民党党籍。听说这事还影响到蒋介石夫妇大吵了一架。
蒋介石夫妇在台湾二十多年，总的来说相处融洽，唯独在吴国桢这件事上别扭闹得相当大。
蒋介石在台湾搞了相当长时期的白色恐怖，他镇压了一部分的共产党员，也镇压了一部分主张民主、主张自由的人士，例如最有名的是雷震。雷震在台湾办一个刊物叫《自由中国》，胡适是后台，蒋介石不敢动胡适，就把雷震抓起来，而且判刑了。这是蒋介石在台湾的大“过”。虽有人为他辩解为在台湾站住脚不得不“专制独裁”，搞一段恐怖统治，但专制独裁终究是不好的，他难辞其咎。
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